La Comisión permanente ejerce la dirección política de Nafarroa Bai, marcando las líneas generales de actuación. Su composición refleja la pluralidad existente en Nafarroa Bai, estando formada por dos miembros de cada partido y por tres independientes. Son miembros de la Comisión Permanente:

Uxue Barkos (Independiente) Karlos Garaikoetxea (EA)   José Luis Mendoza (Independiente) José Antonio Urbiola (EAJ-PNV)   Txentxo Jiménez (Aralar) José Angel Agirrebengoa (EAJ-PNV)   Itziar Gómez (Aralar) Jesús Urra (Batzarre)   Koldo Amezketa (EA) Josetxo Arbizu (Batzarre)   Eva Aranguren (EA) Pablo Muñoz (Aralar)   Txema Mauleón (Batzarre) Javier Leoz (EAJ-PNV)